Covid-19: avant le discours de Macron, les courbes et cartes pour comprendre

SCIENCE – Redonner de la clarté et un cap pour mettre fin à “l’incertitude”. C’est ce qu’a prévu de faire ce mardi 24 novembre à 20 heures Emmanuel Macron lors d’une allocution télévisée consacrée au coronavirus, près d’un mois après le début du confinement.

Depuis quelques jours, le gouvernement explique via des confidences à plusieurs médias qu’il n’y aura pas de “déconfinement” dès le 1er décembre, mais un allègement progressif des mesures restrictives visant à endiguer l’épidémie de Covid-19, probablement en trois phases.

À un moins de Noël, les commerces devraient pouvoir rouvrir, à l’inverse des bars, restaurants et salles de sport. C’est en tout cas ce que le président devrait annoncer si l’on en croit les multiples déclarations des ministres.

Une ouverture par étape, surveillée de près, qui signifie que le couvre-feu puis le confinement ont bien eu l’effet espéré sur les courbes de l’épidémie de Covid-19. Par contre, il ne faut pas croire que tout cela est derrière nous. Car une nouvelle vague peut nous submerger à tout moment. Pour mieux comprendre où nous en sommes dans cette tentative d’endiguer le coronavirus, Le HuffPost vous propose de faire le bilan avec plusieurs cartes et graphiques interactifs.

Les courbes globales de l’épidémie en France

Plusieurs indicateurs sont suivis par le gouvernement, les chercheurs et les autorités sanitaires pour suivre l’évolution du coronavirus en France. Les courbes ci-dessous, mises à jour en temps réel grâce aux chiffres de la Direction générale de la santé, permettent d’y voir plus clair.

Voici une description des principaux indicateurs suivis:

• Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire que la plupart des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
• Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.

Après plus de trois semaines de confinement, lui-même précédé d’un couvre-feu dans plusieurs métropoles, on voit bien qu’un pic a été atteint. Et ce, pour tous les indicateurs. Mais le niveau reste encore assez élevé.

Pour aller plus loin, voici d’autres courbes, cartes et graphiques permettant de mieux cerner l’évolution de l’épidémie au niveau des grandes villes et départements.

Carte du taux d’incidence et de positivité par département

Ces deux indicateurs sont très utiles pour suivre l’épidémie. Surtout le taux d’incidence. Logique: il permet, si le dépistage est massif, rapide et bien effectué, de voir l’impact de mesures de restrictions sur l’évolution de l’épidémie presque en temps réel. Car théoriquement, on se fait tester soit après quelques jours de symptômes, soit même avant si l’on est cas contact.

Mais seul, ce baromètre peut être trompeur. Le taux de positivité permet de limiter les biais. C’est pour cela que nous avons choisi de créer une carte de France basée sur le taux d’incidence et de positivité. Chaque département est coloré en fonction de l’évolution de ces indicateurs. La première carte (bouton “tendances”) permet de voir l’évolution dans le temps du taux d’incidence et de positivité. En clair, de savoir si la situation s’améliore ou se détériore dans chaque département.

Comme ces taux dépendent des remontées du dépistage, nous avons choisi de mettre en avant uniquement les baisses et hausses des deux taux pendant plus d’une semaine. La première carte (bouton “tendances”), montre où en sont les indicateurs par rapport aux seuils d’alerte mis au point par le gouvernement lors du déconfinement.

La seconde (bouton “indice global”) montre l’état d’un département par rapport aux seuils de vigilance et d’alerte mis au point par le gouvernement lors du déconfinement en mai dernier. On voit que la circulation du virus est encore très importante.

Pour des raisons techniques, les territoires ultramarins ne sont pas visibles, mais sont accessibles dans le moteur de recherche en haut à gauche. Cette carte se met à jour automatiquement dès que Santé publique France actualise les données mises en ligne sur data.gouv.fr (de manière quasi quotidienne).

Courbes du taux d’incidence et de positivité par département

Si la carte ci-dessus est utile pour voir la situation actuelle et la tendance globale par département, il peut être également utile de regarder plus en détail l’évolution dans un département précis. C’est justement ce type d’évolution qui est scrutée par les autorités pour savoir si l’épidémie se calme en fonction de mesures, comme nous le précisions récemment en prenant l’exemple de Marseille et des Bouches-du-Rhône.

Nous avons donc mis au point un graphique permettant de comparer l’évolution du taux d’incidence et de positivité dans le temps, par départements. On voit une inflexion dans plusieurs départements qui pourrait être analysée comme un premier indice de l’effet du couvre-feu, puis du confinement.

Mais il faut se garder de tirer des conclusions hâtives. Pendant le mois de septembre, plusieurs baisses ont été observées en Gironde, dans les Bouches-du-Rhône ou à Paris avant de voir l’épidémie repartir avec encore plus de force.

Quant à savoir pourquoi, c’est le grand mystère. L’arrivée de températures froides a probablement donné un nouveau souffle au coronavirus. Dans le même temps, les laboratoires étaient également débordés, ce qui a pu entraîner des chiffres biaisés, car pas représentatifs de la situation réelle.

Cela incite donc à la prudence quant à la lecture de ces chiffres récents. Tout “pic” ou baisse doit se prolonger pendant au moins une ou deux semaines pour en conclure avec certitude que la situation évolue bien dans le bon sens. Et, surtout, doit se corréler avec d’autres éléments.

L’évolution dans 22 grandes villes de l’incidence

Toujours sur ces indicateurs rapides mais pas assez fiables, les grandes villes sont scrutées de près, notamment les 22 métropoles représentées ci-dessous, où, du fait de la densité de la population, le risque de transmission du coronavirus est important.

Voici, ci-dessous, l’évolution de ce taux dans les 22 grandes villes françaises depuis le 26 septembre (limite des données disponibles). Plus la case est rouge, plus l’incidence est élevée et donc plus il y a de cas positifs de Covid-19. 

Il est également possible sur ce graphique de surveiller l’évolution du taux d’incidence chez les personnes âgées de plus de 65 ans, second indicateur particulièrement surveillé par le gouvernement. À raison: on sait que l’âge est le principal facteur de risque avec le coronavirus.

Pour aller plus loin ou regarder plus en détail l’évolution d’une des 22 métropoles françaises suivies par Santé publique France, vous pouvez utiliser le graphique ci-dessous en tapant le nom d’une grande ville.

Carte des réanimations par département

L’un des indicateurs les plus stables est le nombre de personnes qui entrent en réanimation. C’est également celui que suit avec attention le gouvernement, car le taux d’occupation de ces lits est primordial: il faut éviter une saturation qui, en plus des morts provoquées par le Covid-19, engendrerait des conséquences en cascade sur le reste du système de santé.

Avec le taux d’incidence (en général et chez les personnes âgées), c’est le taux d’occupation des lits qui implique le passage d’un département en seuil d’alerte. Malheureusement, les données départementales sur lesquelles se base le gouvernement ne sont actuellement pas disponibles. Il est donc impossible pour Le HuffPost de suivre cet indicateur au niveau local. Nous avons donc choisi d’indiquer sur la carte ci-dessous la tendance en termes de nombre de lits en réanimation occupés par des patients Covid-19.

Courbes des réanimations et hospitalisations par départements

Le principal inconvénient de cet indicateur, c’est qu’il y a un gros décalage temporel. “Pour les cas sévères, on a estimé qu’il se passe environ deux semaines entre l’infection et l’admission en réanimation. Donc l’impact d’une mesure contraignante ne sera visible que 14 jours après”, explique au HuffPost Samuel Alizon, directeur de Recherche au CNRS, spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses.

Afin de pouvoir suivre cette évolution justement, voici un graphique permettant de voir le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimation pour cause de coronavirus, dans chaque département.

On voit ici qu’une baisse se dessine deux à trois semaines après la baisse du taux d’incidence, notamment dans les départements les plus touchés.

Décès en hôpital liés au Covid-19 par département

Enfin, le dernier indicateur est le plus tragique: l’évolution du nombre de morts causés par le coronavirus. Ici ne sont répertoriés que les décès enregistrés à l’hôpital. Les chiffres plus globaux (excès de mortalité de l’Insee, remontées des Ehpad ou des certifications électroniques, etc.) sont communiqués de manière plus sporadique.

Ce graphique ne permet donc pas de dire le nombre total de décès en France à un instant T, mais plutôt, comme les autres, de voir l’évolution de l’épidémie. Comme pour les réanimations, il existe entre l’évolution actuelle de l’épidémie et l’impact sur la courbe des décès un délai d’environ deux ou trois semaines.

Évidemment, ce que l’on souhaite, c’est que toutes ces courbes soient dirigées vers le bas, et ce de manière durable. On voit que même les décès, l’indicateur avec le plus de décalage, commence à chuter doucement. L’épidémie va donc dans le bon sens, mais il est encore bien trop tôt pour crier victoire, car avec un virus qui continue de circuler sur le territoire, il suffit de peu pour que les contaminations repartent à la hausse, comme on a pu le voir à la rentrée.

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